Η βελτιστοποίηση της διαγνωστικής απόδοσης της αλληλούχισης επόμενης γενιάς του DNA (Next Generation Sequencing/NGS) στην ιατρική γενετική, μέσω βιοπληροφορικών και εργαστηριακών διαδικασιών

Περίληψη

Ο συνολικός αριθμός των σπανίων παθήσεων εκτιμάται ότι είναι 7.000-8.000, και περίπου στο 80% εξ’ αυτών έχει αναγνωριστεί η υποκείμενη γενετική αιτιολογία. Σήμερα, ισχυρό εργαλείο για τον προσδιορισμό της μοριακής αιτιολογίας των σπανίων παθήσεων αποτελεί η τεχνολογία αλληλούχησης των εξονίων του γονιδιώματος (WES), καθώς η διαγνωστική της απόδοση κυμαίνεται στο 30-50%, υψηλότερη συγκριτικά με τις συμβατικές μεθοδολογίες. Ωστόσο, παρά την εφαρμογή της, περισσότεροι από τους μισούς ασθενείς με σπάνιο γενετικό νόσημα παραμένουν αδιάγνωστοι, κυρίως λόγω των αδυναμιών στην ανίχνευση διαφορετικών κατηγοριών αιτιοπαθογόνων παραλλαγών και της περιορισμένης εμπειρίας στην έγκυρη ταξινόμηση των σημειακών παραλλαγών (SNVs). Οι πρόσφατες τεχνολογικές και βιοπληροφορικές εξελίξεις έχουν συμβάλει στην ανάπτυξη αποτελεσματικών βιοπληροφορικών εργαλείων, ικανών να ανιχνεύουν παραλλαγές αριθμού αντιγράφων (CNVs) και μικρές επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες (STRs) από δεδομένα WES, οι οποίες δεν μπορούσαν ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

7.000–8.000 different rare diseases (RDs) have been recognized to date, and in approximately 80% an underlying genetic cause is recognized. WES has proven to be significantly valuable in the characterization of underlying genetic defects in most RDs, reaching diagnostic yields between 30–50%; higher than any other molecular genetic method so far. Nonetheless, in about half of RD patients, a definitive molecular diagnosis may not be reached, due to inherent difficulties in identification of causative structural variants and limited experience with valid classification of single nucleotide variants (SNVs). Recent technological and bioinformatics advances have contributed to the development of efficient bioinformatics tools capable of identifying copy number variants (CNVs) and short tandem repeats (STRs) from WES data, which were initially thought to escape detection. To further improve the diagnostic yield of WES, amongst 1560 patients referred for WES to our lab, 820 unresolved cases w ...
περισσότερα
Η διατριβή αυτή δεν είναι ακόμα διαθέσιμη ηλεκτρονικά
DOI
10.12681/eadd/56907
Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/56907
ND
56907
Εναλλακτικός τίτλος
Increasing the diagnostic yield of Next Generation Sequencing (NGS) in medical genetics through bioinformatics and laboratory procedures
Συγγραφέας
Τηλέμης, Φαίδων-Νικόλαος (Πατρώνυμο: Αλέξανδρος)
Ημερομηνία
2024
Ίδρυμα
Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ). Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Ιατρικής. Χωρέμειο Ερευνητικό Εργαστήριο. Εργαστήριο Ιατρικής Γενετικής
Εξεταστική επιτροπή
Συνοδινού-Traeger Ιωάννα-Ραχήλ
Τζέτη Μαρία
Σοφοκλέους Χρυσταλλένα
Καττάμης Αντώνιος
Σιδέρης Διαμάντης
Μακρυθανάσης Περικλής
Βάρτζελης Γεώργιος
Επιστημονικό πεδίο
Ιατρική και Επιστήμες ΥγείαςΒασική Ιατρική ➨ Γενετική ανθρώπου
Λέξεις-κλειδιά
Αλληλούχηση επόμενης γενιάς; Σπάνιες γενετικές παθήσεις; Βιοπληροφορική επανανάλυση γενετικών δεδομένων; Βιοπληροφορικοί αλγόριθμοι; Γενετική διάγνωση
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Ελληνικά
Άλλα στοιχεία
εικ., πιν., σχημ., γραφ.
Στατιστικά χρήσης
ΠΡΟΒΟΛΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής για την χρονική περίοδο 07/2018 - 07/2023.
Πηγή: Google Analytics.
ΞΕΦΥΛΛΙΣΜΑΤΑ
Αφορά στο άνοιγμα του online αναγνώστη για την χρονική περίοδο 07/2018 - 07/2023.
Πηγή: Google Analytics.
ΜΕΤΑΦΟΡΤΩΣΕΙΣ
Αφορά στο σύνολο των μεταφορτώσων του αρχείου της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
ΧΡΗΣΤΕΣ
Αφορά στους συνδεδεμένους στο σύστημα χρήστες οι οποίοι έχουν αλληλεπιδράσει με τη διδακτορική διατριβή. Ως επί το πλείστον, αφορά τις μεταφορτώσεις.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.