Ανάπτυξη υπολογιστικής μεθοδολογίας για τον ορθολογικό σχεδιασμό φαρμάκων που στοχεύουν σε περιφερικές μεμβρανικές πρωτεΐνες

Περίληψη

Η μη φυσιολογική σύνδεση πρωτεΐνης-μεμβράνης εμπλέκεται σε απορυθμισμένα σηματοδοτικά μονοπάτια και σε ασθένειες. Ως εκ τούτου, η δυνατότητα ρύθμισης των αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης-μεμβράνης αποτελεί μια νέα υποσχόμενη θεραπευτική στρατηγική για περιφερικές μεμβρανικές πρωτεΐνες που θεωρούνται φαρμακολογικά δυσπρόσιτες. Η έλλειψη κατάλληλου θεωρητικού υποβάθρου, πειραματικών δεδομένων και τεχνικών προσομοίωσης ικανών να εφαρμόσουν αυτήν τη στρατηγική σχεδιασμού φαρμάκων οδηγεί σε υψηλό κόστος ανάπτυξης μικρών μορίων που στοχεύουν αυτή τη διεπιφάνεια. Ο στόχος της παρούσας διδακτορικής διατριβής είναι η δημιουργία μιας καινοτόμου ροής εργασίας σχεδιασμού φαρμάκων για τη στόχευση της διεπιφάνειας πρωτεΐνης-μεμβράνης, αναπτύσσοντας νέους αλγορίθμους που χρησιμοποιούνται συμπληρωματικά με τις υπάρχουσες μεθόδους χρησιμοποιώντας τα ακόλουθα βήματα: 1. Ανάπτυξη ενός γρήγορου και αποτελεσματικού αλγορίθμου που προβλέπει τις διεπιφάνειες πρωτεΐνης-μεμβράνης των περιφερειακών μεμβρανικών πρωτεϊν ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

Abnormal protein-membrane attachment is involved in deregulated cellular pathways and in disease. Therefore, the possibility to modulate protein-membrane interactions represents a new promising therapeutic strategy for peripheral membrane proteins that have been considered so far undruggable. Currently, the lack of a suitable theoretical background, experimental data, and simulation technology capable to implement this drug design strategy leads to high development costs of small molecules targeting this interface. The aim of this dissertation is to implement a novel drug design workflow for targeting protein-membrane interfaces by developing new algorithms used complementary to existing methods using the following steps: 1. Development of a fast and efficient algorithm predicting the protein-membrane interfaces of peripheral membrane proteins using machine learning. 2. Development of a drug design workflow for targeting the protein-membrane interfaces and implementing it in a web-serv ...
περισσότερα

Όλα τα τεκμήρια στο ΕΑΔΔ προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα.

DOI
10.12681/eadd/51412
Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/51412
ND
51412
Εναλλακτικός τίτλος
Computational design for drugging protein membrane interfaces
Συγγραφέας
Χατζηγούλας, Αλέξιος του Θεοφάνης
Ημερομηνία
2022
Ίδρυμα
Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ). Σχολή Θετικών Επιστημών. Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών
Εξεταστική επιτροπή
Ιωαννίδης Ιωάννης
Κούρνια Ζωή
Περαντώνης Σταύρος
Γουνόπουλος Δημήτριος
Εμίρης Ιωάννης
Μανωλάκος Ηλίας
Τσουμάκας Γρηγόριος
Επιστημονικό πεδίο
Φυσικές ΕπιστήμεςΕπιστήμη Ηλεκτρονικών Υπολογιστών και Πληροφορική ➨ Τεχνητή νοημοσύνη
Λέξεις-κλειδιά
Μηχανική μάθηση; Νευρωνικά δίκτυα γράφων; Περιφερικές μεμβρανικές πρωτεΐνες; Αλληλεπιδράσεις πρωτεΐνης-μεμβράνης; Αλλοστερικός σχεδιασμός φαρμάκων
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Αγγλικά
Άλλα στοιχεία
εικ., πιν.
Στατιστικά χρήσης
ΠΡΟΒΟΛΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Google Analytics.
ΞΕΦΥΛΛΙΣΜΑΤΑ
Αφορά στο άνοιγμα του online αναγνώστη.
Πηγή: Google Analytics.
ΜΕΤΑΦΟΡΤΩΣΕΙΣ
Αφορά στο σύνολο των μεταφορτώσων του αρχείου της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
ΧΡΗΣΤΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
Σχετικές εγγραφές (με βάση τις επισκέψεις των χρηστών)