Βιοπληροφορική ανάλυση, διαχείριση και οργάνωση βιολογικών δεδομένων σχετιζόμενων με τη μετα-μεταφραστική ρύθμιση

Περίληψη

Η μετα-μεταφραστική ρύθμιση αποτελεί ένα σημαντικό, γρήγορο και ενεργειακά αποδοτικό επίπεδο της κυτταρικής ρύθμισης, για το οποίο έχουν αναπτυχθεί πολλές ομικές τεχνολογίες μεγάλης κλίμακας. Η μετα-μεταφραστική τροποποίηση των αμινοξέων και ειδικότερα η πρωτεϊνική φωσφορυλίωση και μεθυλίωση έχουν κεντρικό ρόλο. Αυτή η διδακτορική διατριβή εστίασε σε δημοσιευμένα δεδομένα φωσφο-πρωτεωμικής και μεθυλ-πρωτεωμικής με σκοπό να αναπτύξει υπολογιστικά εργαλεία και βιοπληροφορικές μεθόδους/αναλύσεις που θα μπορούν να τα αναλύσουν και να εξάγουν γνώση για τις ιδιότητες αυτού του επιπέδου ρύθμισης. Κατά την διάρκεια αυτής της διατριβής, συλλέχθησαν, φιλτραρίστηκαν, αποθηκεύτηκαν και οργανώθηκαν δημοσιευμένα δεδομένα, με τη βοήθεια ενός υπολογιστικού εργαλείου διαχείρισης της Βιβλιογραφίας και μιας βάσης δεδομένων που ανέπτυξα. Επιπλέον, και άλλα ομικά και εξελικτικά δεδομένα ενσωματώθηκαν με σκοπό να πραγματοποιηθούν βιοπληροφορικές αναλύσεις σε βάθος. Στατιστικές αναλύσεις επέτρεψαν να εκτιμηθ ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

Post-translational regulation is an important, fast and energy efficient level of gene regulation that has attracted the focus of many high-throughput technologies in the last 20 years. Post-translational modifications of amino acids and especially proteinphosphorylation play a pivotal role at this level of cellular regulation. Accordingly, this thesis focused on publicly available and abundant high-throughput proteinphosphorylation and methylation data, in order to develop computational tools and bioinformatics methods and pipelines, with the aim to analyze them and transform raw data into biological knowledge, about the properties of the eukaryotic phosphoproteome. During this thesis, phosphoproteomic and methylproteomic data were mined from the literature. An annotation tool and a database were developed in order to facilitate the mining and storage of these complex data, that were integrated with many other omic and evolutionary data. Statistical analyses of the gathered and filter ...
περισσότερα
Πρέπει να είστε εγγεγραμένος χρήστης για έχετε πρόσβαση σε όλες τις υπηρεσίες του ΕΑΔΔ  Είσοδος /Εγγραφή

Όλα τα τεκμήρια στο ΕΑΔΔ προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα.

Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/47953
ND
47953
Εναλλακτικός τίτλος
Bioinformatics analysis, management and organization of biological data related to post-translational regulation
Συγγραφέας
Βλασταρίδης, Παναγιώτης του Νικόλαος
Ημερομηνία
2020
Ίδρυμα
Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας. Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας. Εργαστήριο Βιοπληροφορικής
Εξεταστική επιτροπή
Αμούτζιας Γρηγόριος
Oliver Stephen
Van de Peer Yves
Μόσιαλος Δημήτριος
Σίμος Γεώργιος
Στρατίκος Ευστράτιος
Παπακυριακού Αθανάσιος
Επιστημονικό πεδίο
Φυσικές Επιστήμες
Επιστήμες Ηλεκτρονικών Υπολογιστών & Πληροφορικής
Βιολογικές Επιστήμες
Μηχανική & Τεχνολογία
Επιστήμες Ηλεκτρολόγου Μηχανικού, Ηλεκτρονικού Μηχανικού & Μηχανικού Η/Υ
Ιατρική & Επιστήμες Υγείας
Ιατρική Βιοτεχνολογία
Λέξεις-κλειδιά
Βιοπληροφορική; Εξέλιξη; Μετα-μεταφραστική ρύθμιση; Πρωτεϊνική φωσφορυλίωση; Πρωτεϊνική μεθυλίωση; Βάσεις δεδομένων; Νευρωνικά δίκτυα; Πρόβλεψη
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Αγγλικά
Άλλα στοιχεία
147 σ., εικ., πιν., σχημ., γραφ.