Υπολογιστικές μελέτες σε συζευγμένους με G-πρωτεΐνες υποδοχείς (GPCRS)

Περίληψη

Στα πλαίσια της παρούσας διατριβής μελετήθηκε εκτενώς, με υπολογιστικές μεθόδους, η πολύ ενδιαφέρουσα υπεροικογένεια των GPCRs, καθώς και οι G-πρωτεΐνες. Αναπτύχθηκαν δύο μέθοδοι:Η μέθοδος GPCRpipe (http://bioinformatics.biol.uoa.gr/GPCRpipe/) χαρακτηρίζει πρωτεΐνες ως πιθανούς GPCRs με μόνη πληροφορία την αλληλουχία, και στηρίζεται σε ειδικά μοτίβα που περιγράφονται από pHMMs της βάσης Pfam, καθώς και σε ένα HMM το οποίο έχει κατασκευαστεί ειδικά για τους GPCRs και επιτρέπει την πρόγνωση της ακριβούς τους τοπολογίας.Η μέθοδος GprotPRED (http://bioinformatics.biol.uoa.gr/GprotPRED/) σχεδιάστηκε για να εντοπίζει με ταχύτητα και αξιοπιστία G-πρωτεΐνες με μόνη πληροφορία την αλληλουχία τους. Ειδικότερα, με τα ειδικά κατασκευασμένα pHMMs που περιλαμβάνει, μπορεί να εντοπίσει Gα υπομονάδες και μάλιστα να τις ταξινομήσει στις τέσσερις βασικές οικογένειες που συναντώνται στα θηλαστικά (Gs, Gi/o, Gq/11,G12/13), ενώ, με τα δύο ειδικά κατασκευασμένα, από την εργασία μας, pHMMs για τη β και τη γ ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

In the context of this thesis, using computational methods, we studied extensively, the very interesting superfamily of GPCRs and their partners, G-proteins. Two methods were developed: GPCRpipe (http://bioinformatics.biol.uoa.gr/GPCRpipe/) characterizes proteins as probable GPCRs, using only their sequence as input. It is based on specific patterns described by Pfam pHMMs and on a specially designed by our work GPCR specific HMM, which allows the prediction of their topology. GprotPRED (http://bioinformatics.biol.uoa.gr/GprotPRED/) was designed to accurately detect Gproteins with solely their sequence as input. Using the specific pHMMs that were built, it detects Gα proteins, and classifies them in the four basic mammal families (Gs, Gi/o, Gq/11, G12/13). Moreover, with two additional pHMMs for the β and γ subunits, identification of G-proteins is complete. The sheer volume of data on G-coupled protein receptors led to the creation of two new databases: Human-gpDB is available at http ...
περισσότερα

Όλα τα τεκμήρια στο ΕΑΔΔ προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα.

DOI
10.12681/eadd/44283
Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/44283
ND
44283
Εναλλακτικός τίτλος
Computational srudies on g-protein coupled receptors (GPCRs)
Συγγραφέας
Θεοδωροπούλου, Μαργαρίτα του Κωνσταντίνος
Ημερομηνία
2014
Ίδρυμα
Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ). Σχολή Θετικών Επιστημών. Τμήμα Βιολογίας. Τομέας Βιολογίας Κυττάρου και Βιοφυσικής
Εξεταστική επιτροπή
Χαμόδρακας Σταύρος
Μπάγκος Παντελής
Προμπονάς Βασίλειος
Βοργιάς Κωνσταντίνος
Ηλιόπουλος Ηλίας
Στραβοπόδης Δημήτριος
Οικονομίδου Βασιλική
Επιστημονικό πεδίο
Φυσικές ΕπιστήμεςΒιολογία
Λέξεις-κλειδιά
Μεταγωγή σήματος; Βιοπληροφορική; Συζευγμένοι με g-πρωτεΐνες υποδοχείς
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Ελληνικά
Άλλα στοιχεία
xviii, 179 σ., εικ., πιν., σχημ., γραφ.
Στατιστικά χρήσης
ΠΡΟΒΟΛΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Google Analytics.
ΞΕΦΥΛΛΙΣΜΑΤΑ
Αφορά στο άνοιγμα του online αναγνώστη.
Πηγή: Google Analytics.
ΜΕΤΑΦΟΡΤΩΣΕΙΣ
Αφορά στο σύνολο των μεταφορτώσων του αρχείου της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
ΧΡΗΣΤΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
Σχετικές εγγραφές (με βάση τις επισκέψεις των χρηστών)