Προσδιορισμός νέων μικροβιακών ενζύμων βιοτεχνολογικού ενδιαφέροντος μέσω μεταγενωμικής ανάλυσης

Περίληψη

Σκοπός της παρούσας διατριβής ήταν η ανάπτυξη ενός αυτοματοποιημένου συστήματος βιοπληροφορικών αναλύσεων, το οποίο θα μπορούσε να διαχειριστεί και να αναλύσει μεταγενωμικά δεδομένα, με τελικό στόχο την εύρεση καινούριων ενζύμων βιοτεχνολογικού ενδιαφέροντος. Η διαδικασία σχεδιασμού του αυτοματοποιημένου συστήματος περιελάμβανε την αξιολόγηση πολυάριθμων βιοπληροφορικών εργαλείων μέσω της εφαρμογής τους σε πραγματικά μεταγενωμικά δεδομένα καθώς και την ανάπτυξη καινούριων αλγορίθμων που καλύπτουν τις αδυναμίες των ήδη υπαρχόντων. Η συλλογή των διαφορετικών εργαλείων και των νέων αλγορίθμων ενοποιήθηκε σε μία διαδικτυακή πλατφόρμα που κατασκευάστηκε με βάση το υπολογιστικό σύστημα Galaxy και ονομάστηκε ANASTASIA (Automated Nucleotide Aminoacid Sequences Translational plAtform for Systemic Interpretation and Analysis). Στην καινούρια πλατφόρμα το κάθε εργαλείο και αλγόριθμος γινόταν διαθέσιμο μέσω ενός φιλικού προς το χρήστη γραφικού περιβάλλοντος ενώ υπήρχε η δυνατότητα αυτοματοποίησης ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

Aim of this thesis was the development of an automated bioinformatic framework that could effectively handle and analyze metagenomic data with the final scope being the detection of novel enzymes of industrial interest. The design of the aforementioned framework comprised evaluating various open source bioinformatic tools via running multiple analyses in real metagenomic datasets, as well as developing new algorithms that could tackle any issues derived from these analyses. The selected tools and developed algorithms were integrated in a web-based platform which was developed by exploiting Galaxy's computational framework and was named ANASTASIA (Automated Nucleotide Aminoacid Sequences Translational plAtform for Systemic Interpretation and Analysis). This new platform offered a friendly graphic user interface for all tools incorporated in it, while enabling the automation of each analysis in which they were executed, through the use of appropriate computational pipelines. The design o ...
περισσότερα
Πρέπει να είστε εγγεγραμένος χρήστης για έχετε πρόσβαση σε όλες τις υπηρεσίες του ΕΑΔΔ  Είσοδος /Εγγραφή

Όλα τα τεκμήρια στο ΕΑΔΔ προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα.

Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/42034
ND
42034
Εναλλακτικός τίτλος
Metagenomic analysis for the detection of novel microbial enzymes of biotechnological interest
Συγγραφέας
Λαδουκάκης, Ευθύμιος Αθανάσιος
Ημερομηνία
2017
Ίδρυμα
Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο (ΕΜΠ). Σχολή Χημικών Μηχανικών. Τομέας Σύνθεσης και Ανάπτυξης Βιομηχανικών Διαδικασιών (IV)
Εξεταστική επιτροπή
Κολίσης Φραγκίσκος
Κέκος Δημήτριος
Μπουντουβής Ανδρέας
Σαρίμβεης Χαράλαμπος
Λυμπεράτος Γεράσιμος
Τόπακας Ευάγγελος
Χατζηϊωάννου Αριστοτέλης
Επιστημονικό πεδίο
Μηχανική & Τεχνολογία
Περιβαλλοντική Βιοτεχνολογία
Λέξεις-κλειδιά
Βιοπληροφορική ανάλυση; Μεταγενωμική; Ένζυμα; Εργαλεία βιοπληροφορικής; Αυτοματοποίηση διαδικασιών ανάλυσης
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Ελληνικά
Άλλα στοιχεία
139 σ., πιν., σχημ., γραφ.