Έρευνα στη μεταγραφή των βακτηρίων με τη χρήση βάσεων δεδομένων από αλληλουxίες RNA

Περίληψη

Τα Synechococcus και Synechocystis είναι Κυανοβακτήρια που χρησιμοποιούνται για τη συλλογή συμπερασμάτων σχετικά με τον εγκλιματισμό των μικροοργανισμών και τη διερεύνηση του μεταβολισμού τους. Χρησιμοποιώντας αξιόπιστα RNAseq δεδομένα, προσδιορίστηκε η μεταγραφική συμπεριφορά των κυττάρων που υποβλήθηκαν σε συνθήκες καταπόνησης (μειωμένου ανόργανου άνθρακα, αυξημένης αλατότητας, μειωμένης θερμοκρασίας, αυξημένου pH και μειωμένου φωτισμού) για διάρκεια μίας ώρας και για διάρκεια εικοσιτεσσάρων ωρών. Για την κατανόηση της μεταγραφικής διαδικασίας των κυττάρων εφαρμόστηκε η στατιστική μέθοδος της διαφορικής έκφρασης γονιδίων, εντοπίστηκαν νέα γονίδια και τέλος διερευνήθηκε η μεταλλαξιγένεση στα μετάγραφα καθώς και οι παραλλαγές τους. Διαπιστώθηκε ότι οι αποκρίσεις των κυττάρων ποικίλουν ανάλογα με τις συνθήκες καταπόνησης και δεν ήταν ταυτόσημες μεταξύ των κυανοβακτηρίων που μελετήθηκαν. Επίσης, βρέθηκαν μηχανισμοί που πιθανόν ενισχύουν τον εγκλιματισμό τους σε νέα περιβάλλοντα.

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

Synechococcus sp. PCC 7942 and Synechocystis sp. PCC 6803 are model cyanobacteria from which the metabolism and adaptive responses of other cyanobacteria are inferred. In this study, we used RNAseq to characterize the transcriptomes of Synechocystis sp. PCC 6803 and Synechococcus sp. PCC 7942 under various stress conditions in order to reveal their transcriptional responses and acclimation mechanism to environmental stress and improve their genome annotations. The specific stresses we studied were increased salinity, increased pH, mild carbon limitation, decreased temperature, and decreased light. At first, differential gene expression analysis showed that the specific responses of the two strains were by no means identical. Transcriptome profiles also allowed us to improve the structural annotation of the genome, i.e. identify possible missed genes (including anti-sense), alter gene coordinates and determine transcriptional units (operons). In addition, we reported proteins that are i ...
περισσότερα
Πρέπει να είστε εγγεγραμένος χρήστης για έχετε πρόσβαση σε όλες τις υπηρεσίες του ΕΑΔΔ  Είσοδος /Εγγραφή

Όλα τα τεκμήρια στο ΕΑΔΔ προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα.

Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/47088
ND
47088
Εναλλακτικός τίτλος
Research in the transcription of bacteria using RNA data
Συγγραφέας
Μπίλλης, Κωνσταντίνος Δημήτριος
Ημερομηνία
2020
Ίδρυμα
Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (ΑΠΘ). Σχολή Θετικών Επιστημών. Τμήμα Βιολογίας. Τομέας Γενετικής, Ανάπτυξης και Μοριακής Βιολογίας
Εξεταστική επιτροπή
Σκούρας Ζαχαρίας
Γιάγκου Μηνάς
Κυρπίδης Νικόλαος
Αρσενάκης Μηνάς
Κοντογιάννης Δημήτριος
Δροσοπούλου Ελένη
Καππάς Ηλίας
Επιστημονικό πεδίο
Φυσικές Επιστήμες
Βιολογικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά
Γονίδια, Μεταγραφή; Κυανοβακτήρια; Βακτήρια; Έκφραση γονιδίων; Εγκλιματισμός
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Ελληνικά
Άλλα στοιχεία
153 σ., εικ., πιν., σχημ., γραφ.
Ειδικοί όροι χρήσης/διάθεσης
Το έργο παρέχεται υπό τους όρους της δημόσιας άδειας του νομικού προσώπου Creative Commons Corporation:Creative Commons Αναφορά Δημιουργού Μη εμπορική Χρήση Παρόμοια Διανομή 3.0 Ελλάδα