Development of computational systems for the study of the expression and function of miRNAs

Abstract

microRNAs are small RNA molecules found in a wide array of organisms that function as post-transcriptional regulators of gene expression. They are known to be implicated in a wide array of conditions among which several types of cancer. Since our knowledge and appreciation of the importance of microRNAs is increasing rapidly, the need for novel computational approaches has become evident. In this manuscript are discussed advances in the study of microRNA expression and regulation, microRNA targeting and microRNA function. The need for the study of each of these fields will be discussed as well as algorithms, web servers and other tools developed to help further our understanding on the connection of microRNAs and cancer.

Συμπληρώνεται αποκλειστικά ηλεκτρονικά σε αρχείο word δακτυλογραφημένο με πεζούς χαρακτήρες (μικρά γράμματα), χωρίς παραγράφους σε κοινές γραμματοσειρές π.χ. Times New Roman, σε μια παράγραφο, χωρίς μαθηματικούς τύπους και πολυτονικούς χαρακτήρες), σύμφωνα με το παράδειγμα που υπάρχει στη σελίδα της υπηρεσίαςΤα microRNA είναι μικρά μόρια RNA τα οποία έχουν εντοπιστεί σε μεγάλο αριθμό οργανισμών και λειτουργούν ως μετα-μεταγραφικοί ρυθμιστές της γονιδιακής έκφρασης. Έχουν συνδεθεί με πολλές κυτταρικές λειτουργίες αλλά και με διάφορους τύπους καρκίνου. Καθώς η γνώση και η κατανόησή μας για τη σημασία των microRNA συνεχώς αυξάνει, η ανάγκη για τη δημιουργία νέων υπολογιστικών μεθόδων έχει γίνει εμφανής. Σε αυτή τη διατριβή συζητείται η δημιουργία τέτοιων μεθόδων σχετικών με τη μελέτη της έκφρασης και ρύθμισης των microRNA, της πρόβλεψης γονιδίων στόχων των microRNA και της γενικότερης δράσης τους. Ειδικά μελετούνται αλγόριθμοι, δικτυακοί εξυπηρετητές και άλλα εργαλεία που δημιουργήθηκαν για να προωθήσουν την κατανόησή μας για τη σύνδεση των microRNA με τον καρκίνο.