Γενετική μελέτη, εξελικτικές σχέσεις και δομική ανάλυση απακετυλασών

Περίληψη

Οι απακετυλάσες πολυσακχαριτών (PDAs) είναι ένζυμα που ανήκουν στις υδατανθρακικές εστεράσες της οικογένειας 4 (CE4) και δρουν σε πολυσακχαρίτες όπως είναι η πεπτιδογλυκάνη, η χιτίνη, η χιτοζάνη, και η ακετυλοξυλάνη. Τα μέλη της CE4 είναι κυρίως μεταλλοεξαρτώμενες υδρολάσες, από ένα ιόν συνήθως Zn2+ ή Co2+. Έχουν μια κοινή καταλυτική δομική ενότητα που ονομάζεται NodΒ.Τα γονιδιώματα των Bacillus cereus, και Bacillus anthracis, δύο συγγενικών ειδών που ανήκουν στην ομάδα B. cereus, έχουν πολλαπλά γονίδια απακετυλάσης πολυσακχαρίτη. Στην παρούσα διατριβή, προσδιορίστηκαν με κρυσταλλογραφία ακτίνων-Χ και παρουσιάζονται οι ακόλουθες πρωτεϊνικές δομές: οι φερόμενες απακετυλάσες πολυσακχαρίτη, Ba0331 (διακριτικότητας 2,59Å) και Βa0330 (διακριτικότητας 1,48Å) από το βακτήριο B. anthracis, το οποίο είναι ο αιτιολογικός παράγοντας της ασθένειας του άνθρακα, καθώς και η απακετυλάση της Ν-ακετυλογλυκοζαμίνης της πεπτιδογλυκάνης, Bc1974 (διακριτικότητας 1,80Å), του B. cereus. Επίσης προσδιορίστηκα ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

Polysaccharide deacetylases (PDAs), are members of the carbohydrate esterase family 4 (CE4), acting on polysaccharides, such as chitin and chitosans, peptidoglycans, acetylxylans, and β-1,6-GlcNAc polysaccharides. The CE4 family members share a conserved catalytic core termed the NodB homology domain. Genomes of Bacillus anthracis and its relative Bacillus cereus, both belonging to the B. cereus group of species, contain multigenes of PDAs. In the present thesis, the 3D structures of the putative polysaccharide deacetylases Ba0331 (at 2.59Å resolution) and Ba0330 (at 1.48Å) from the B. anthracis bacterium, the causative agent of the anthrax disease, are presented. In addition the N- acetylglucosamine peptidoglycan deacetylase, Bc1974 (at 1.80Å) from B. cereus bacterium is presented. The structure of six Βc1974 complexes with distinct ligands have also been determined and presented at resolution from 1.45 Å to 3.05Å, which to the best of our knowledge, are the first crystal structures o ...
περισσότερα
Η διατριβή είναι δεσμευμένη από τον συγγραφέα  (μέχρι και: 10/2020)
Το πλήρες κείμενο της διατριβής είναι διαθέσιμο σε έντυπη μορφή από τη Βιβλιοθήκη Επιστήμης και Τεχνολογίας του ΕΚΤ
Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/46012
ND
46012
Εναλλακτικός τίτλος
Genetic studies, evolutionary relationships, and structural analysis of deacetylases
Συγγραφέας
Ανδρέου, Αθηνά Χρήστος
Ημερομηνία
2019
Ίδρυμα
Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Σχολή Τροφίμων Βιοτεχνολογίας και Ανάπτυξης. Τμήμα Βιοτεχνολογίας. Εργαστήριο Γενετικής
Εξεταστική επιτροπή
Ηλιόπουλος Ηλίας
Κλώνης Ιωάννης
Μπεθάνης Κωνσταντίνος
Γουλιέλμος Γεώργιος
Παπακυριακού Αθανάσιος
Σαρειδάκης Εμμανουήλ - Ελευθέριος
Χάγιερ - Θεοδωρίδου Αριάδνη - Λουκία
Επιστημονικό πεδίο
Φυσικές Επιστήμες
Βιολογικές Επιστήμες
Γεωργικές Επιστήμες
Γεωργική Βιοτεχνολογία
Λέξεις-κλειδιά
Παράλογα γονίδια; Οικογένεια γονιδίων απακετυλάσης πολυσακχαρίτη; Λειτουργική απόκλιση; Δομική εξέλιξη; Οικογένεια 4 των υδατανθρακικών εστερασών; Κρυσταλλογραφία ακτίνων-Χ; Κρυσταλλική δομή; Απακετυλάση πεπτιδογλυκάνης
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Ελληνικά
Άλλα στοιχεία
276 σ., εικ., πιν., σχημ., γραφ.