Καθορισμός της περιοχής έλλειψης του χρωμοσώματος 13 (13q14 deletion) σε ασθενείς με χρόνια λεμφική λευχαιμία και ανάλυση της έκφρασης γονιδίων που ευρίσκονται στην περιοχή της έλλειψης

Abstract

Deletions in chromosomal band 13q14.3 occur in >50% of B-cell CLL and mantle cell lymphoma (MCL), indicating the localization of a tumor suppressor gene involved in the pathogenesis of B-cell neoplasia. Within a 400kb recurrently deleted segment at least two minimally deleted areas have been reported. Here we report a gene which presents an alternative spliced form of the previously described Leu1 which spans both, the previously reported minimal deleted areas and has also homology with a transcript of previously published BCMS gene. This gene consists of ten exons and the first two exons are common with Leu1 gene. All the exons were indentified using a combination of libraries screening (exons 1, 2, 4, 6, 9 and 10), race-pcr (exons 3, 5, 7 and 8) and exon trapping (exons 1, 9 and 10). The expression of the gene was confirmed using pcr on cDNA from peripheral blood lymphocytes and cellular lines. The cDNA length is 1863 bp and multiple small open reading frames have been identified. The longest ORF is 282 bp in length and encodes for a putative peptide of 94 amino acids.

Ελλείψεις στην περιοχή 13q14.3 εμφανίζονται >50% των B-ΧΛΛ και των λεμφωμάτων από κύτταρα του μανδύα (MCL), υποδεικνύοντας την εντόπιση ενός ογκοκατασταλτικού γονιδίου που εμπλέκεται στην παθογένεια της νεοπλασίας από B-κύτταρα. Σε μια περιοχή 400kb που ελλείπει έχουν ορισθεί τουλάχιστον 2 ελάχιστες κοινές περιοχές ελλείψεις με κεντρική αλληλοεπικάλυψη. Στην μελέτη αυτή αναφέρουμε την παρουσία ενός γονιδίου που παριστά ένα εναλλακτικό μετάγραφο του γονιδίου Leu 1 μια και περιλαμβάνει τα 2 πρώτα εξόνια του και διασχίζει και τις δυο προηγούμενα περιγραφείσες περιοχές ελάχιστης κοινής έλλειψης και έχει ομολογία με το προηγούμενα δημοσιευμένο BCMS γονίδιο. Αποτελείται από 10 εξόνια που ανιχνεύθηκαν από συνδυασμό πειραματικών μεθόδων όπως screening cDNA βιβλιοθήκης (εξόνια 1, 2, 4, 6, 9 και το 10) RACE-pcr (εξόνια 3, 5, 7 και 8 ) και παγίδευση εξονίων ( εξόνια 1, 9 και 10). Η έκφραση τους έχει επιβεβαιωθεί σε cDNA περιφερικών λευκών και κυτταρικές σειρές. Στο cDNA που απομονώθηκε μήκους 1863 βάσεων ανευρέθηκαν πολλαπλά μικρά open reading frame. Το μακρύτερο open reading frame (ORF) είναι 282 bp πιθανά κωδικοποιεί για ένα πεπτίδιο μεγέθους 94 αμινοξέων.