Βιοπληροφορική ανάλυση ομικών δεδομένων από πρωτογενείς μελέτες ανθρώπινου μικροβιώματος

Περίληψη

Η παρούσα διδακτορική διατριβή υλοποιεί μία βιοπληροφορική πολυ-ομική ανάλυση για τη διερεύνηση της σύνθεσης, της λειτουργίας και της κλινικής σημασίας των ανθρώπινων μικροβιακών κοινοτήτων στη στοματική κοιλότητα και το ρινοφάρυγγα. Η κύρια μελέτη εξετάζει τον ρόλο του στοματικού μικροβιώματος στην περιοδοντική νόσο και αξιολογεί τις θεραπευτικές αντιμικροβιακές ιδιότητες της μαστίχας Χίου, ως προς την επίδρασή της στο στοματικό μικροβίωμα. Μέσω της ενσωμάτωσης μεταγονιδιωματικών, μεταμεταγραφωματικών, μεταγραφωματικών και κλινικών δεδομένων, αυτή η εργασία αναπτύσσει μια υπολογιστική ροή εργασίας για την ανάλυση των εξειδικευμένων μικροβιακών και ανοσολογικών αποκρίσεων στην ουλίτιδα και την περιοδοντίτιδα, παρέχοντας παράλληλα την πρώτη μοριακή διερεύνηση των επιδράσεων της μαστίχας Χίου σε ανθρώπινο πληθυσμό. Διεξήχθη τυχαιοποιημένη μελέτη τριών ομάδων (εικονική τσίχλα, τσίχλα με μαστίχα Χίου, μαστιχέλαιο) σε 18 ασθενείς. Τις ημέρες 0, 7 και 21 της μελέτης καταγράφηκαν κλινικοί δεί ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

This thesis implements a comprehensive multi-omic bioinformatics framework to investigate the structure, function, and clinical relevance of human microbial communities in both the oral cavity and the nasopharynx. The primary study examines the oral microbiome’s role in periodontal disease and evaluates the therapeutic potential of Chios Mastic, a natural resin endemic to Greece, in modulating oral microbial communities. By integrating metagenomic, metatranscriptomic, host transcriptomic, and clinical datasets, this work establishes a novel computational pipeline for analyzing niche-specific microbial and host-response dynamics in gingivitis and early periodontitis, while providing the first molecular characterization of Chios Mastic’s effects in a human population. A randomized trial was conducted with three groups (placebo gum, mastic gum, mastic oil) in 18 patients. On days 0, 7, and 21 of the study, clinical indices such as the Gingival Bleeding Index (GBI) and Bleeding on Probing ...
περισσότερα
Η διατριβή είναι δεσμευμένη από τον συγγραφέα  (μέχρι και: 5/2026)
Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/58976
ND
58976
Εναλλακτικός τίτλος
Intergrative analysis of omics data in primary human microbiome studies
Συγγραφέας
Καρδαράς, Φίλιππος (Πατρώνυμο: Σωτήριος)
Ημερομηνία
2025
Ίδρυμα
Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας. Σχολή Θετικών Επιστημών. Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική
Εξεταστική επιτροπή
Χατζηγεωργίου Αρτεμις - Γεωργία
Μπάγκος Παντελεήμων
Μπράλιου Γεωργία
Πετεινάκη Ευθυμία
Πλαγιανάκος Βασίλειος
Κοντού Παναγιώτα
Τασουλής Σωτήριος
Επιστημονικό πεδίο
Φυσικές ΕπιστήμεςΕπιστήμη Ηλεκτρονικών Υπολογιστών και Πληροφορική ➨ Βιοπληροφορική
Φυσικές ΕπιστήμεςΒιολογία ➨ Μικροβιολογία
Λέξεις-κλειδιά
Μεταγονιδιωματική; Μεταμεταγραφωματική; Μικροβίωμα; Μικροβίωμα στοματικού βλεννογόνου; Ρινοφαρυγγικό μικροβίωμα; Ουλίτιδα; Περιοδοντίτιδα; COVID-19
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Αγγλικά
Άλλα στοιχεία
πιν., σχημ., γραφ.
Στατιστικά χρήσης
ΠΡΟΒΟΛΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής για την χρονική περίοδο 07/2018 - 07/2023.
Πηγή: Google Analytics.
ΞΕΦΥΛΛΙΣΜΑΤΑ
Αφορά στο άνοιγμα του online αναγνώστη για την χρονική περίοδο 07/2018 - 07/2023.
Πηγή: Google Analytics.
ΜΕΤΑΦΟΡΤΩΣΕΙΣ
Αφορά στο σύνολο των μεταφορτώσων του αρχείου της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
ΧΡΗΣΤΕΣ
Αφορά στους συνδεδεμένους στο σύστημα χρήστες οι οποίοι έχουν αλληλεπιδράσει με τη διδακτορική διατριβή. Ως επί το πλείστον, αφορά τις μεταφορτώσεις.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.