Ανάπτυξη υβριδικών αλγορίθμων με βάση μεθοδολογίες δικτύων για τη διερεύνηση συσχετίσεων σε βιολογικά/περιβαλλοντικά δεδομένα

Περίληψη

Στην παρούσα διατριβή προτείνονται και αναπτύσσονται αλγόριθμοι βασισμένοι σε δίκτυα για την επεξεργασία και ανάλυση βιολογικών/περιβαλλοντικών δεδομένων με κύριο σκοπό τη διερεύνηση συσχετίσεων σε αυτά. Συγκεκριμένα, οι αλγόριθμοι που αναπτύσσονται χρησιμοποιούνται για την ανάλυση και επεξεργασία (i) πρωτεϊνικών δεδομένων με στόχο την ανάλυση του χώρου των δομών και ακολουθιών και τη συνεισφορά στην αναγνώριση διπλώματος των πρωτεϊνών, (ii) δεδομένων που προκύπτουν από τη γενετική ταυτότητα ατόμων και περιβαλλοντικές παραμέτρους με σκοπό την αιτιολογική ανάλυση πολυπαραγοντικών φαινοτύπων που σχετίζονται με τις καρδιαγγειακές νόσους. Στο πρώτο μέρος της διατριβής χρησιμοποιούνται βασικές αρχές δικτύων για τη μελέτη της τοπολογίας δικτύων ομοιότητας πρωτεϊνών σε επίπεδο δομής και ακολουθίας. Σε επίπεδο ακολουθίας τα δίκτυα ομοιότητας κατασκευάζονται με χρήση της απόστασης διανυσμάτων χαρακτηριστικών εξαγόμενων από την ακολουθία, ενώ σε επίπεδο δομής με χρήση του βαθμού ομοιότητας που π ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

In the present PhD Thesis, network-based algorithms aiming at analyzing and revealing interrelations within biological/environmental data are proposed. The algorithms are applied here within two different contexts: i) analysis of protein sequence and structural space, and fold recognition using networks as simple graphs (first part) and ii) analysis of multifactorial disease-related traits using hybrid artificial neural network methods (second part). In the first part, protein similarity networks are constructed separately for two similarity criteria based on sequence derived features and structural alignment. Measurements, like network degree, clustering coefficient, characteristic path length and vertex centrality are utilized to characterize their overall and local topology. Protein similarity networks are classified as small world networks, an architecture that can host the similarity transition among proteins during evolution. Furthermore, the task of fold recognition on a protein ...
περισσότερα

Όλα τα τεκμήρια στο ΕΑΔΔ προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα.

Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/18615
ND
18615
Εναλλακτικός τίτλος
Networks and hybrid algorithms for the study of interrelations within biological/environmental data
Συγγραφέας
Βαλαβάνης, Ιωάννης του Κλεάνθης
Ημερομηνία
2009
Ίδρυμα
Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο (ΕΜΠ). Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών. Τομέας Συστημάτων Μετάδοσης Πληροφορίας και Τεχνολογίας Υλικών
Εξεταστική επιτροπή
Νικήτα Κωνσταντίνα
Κουτσούρης Δημήτρης
Ουζούνογλου Νικόλαος
Εμίρης Ιωάννης
Σταφυλοπάτης Ανδρέας
Κολίσης Φραγκίσκος
Ματσόπουλος Γεώργιος
Επιστημονικό πεδίο
Επιστήμες Μηχανικού και Τεχνολογία
Επιστήμη Ηλεκτρολόγου Μηχανικού, Ηλεκτρονικού Μηχανικού, Μηχανικού Η/Υ
Λέξεις-κλειδιά
Δίκτυα; Γράφος; Τεχνητά νευρωνικά δίκτυα; Γενετικοί αλγόριθμοι; Ταξινομητές; Πρωτεϊνική ακολουθία - δομή; Δίκτυο μικρού κόσμου; Κεντρικότητα διαμεσότητας; Αρχαιότητα πρωτεϊνών; Πολυπαραγοντικός γενετικός πολυμορφισμός; Παχυσαρκία; Μεταγευματική λιπαιμία; Γενετικός πολυμορφισμός; Κύριος κόμβος; Αναγνώριση διπλώματος; Καρδιαγγειακές νόσοι; Διατροφή
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Ελληνικά
Άλλα στοιχεία
203 σ., εικ.
Στατιστικά χρήσης
ΠΡΟΒΟΛΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Google Analytics.
ΞΕΦΥΛΛΙΣΜΑΤΑ
Αφορά στο άνοιγμα του online αναγνώστη.
Πηγή: Google Analytics.
ΜΕΤΑΦΟΡΤΩΣΕΙΣ
Αφορά στο σύνολο των μεταφορτώσων του αρχείου της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
ΧΡΗΣΤΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.